Суперкомпьютер Anton займется поиском новых лекарств

Ученые сконструировали специализированный компьютер, который займется изучением биологических проблем и скринингом новых лекарственных средств. Назван он по имени пионера микробиологии Антони ван Левенгука.

Ключевое отличие компьютера от таких суперкомпьютеров, как I.B.M. BlueGene/L, в том, что они рассматривают химико-биологические процессы отдельными, очень короткими промежутками от фемтосекунды до одной миллионной секунды. Биологические молекулы и надмолекулярные структуры, например, белки, очень массивны, поэтому из-за стерических и прочих факторов они не могут взаимодействовать так же быстро, как и небольшие молекулы. Anton же рассматривает промежутки времени, в 1000 раз большие, чем вышеназванные компьютеры I.B.M.

Таким образом ученые надеются изучать процессы взаимодействия лекарственных реагентов с субстратом и фолдинга белков (сборки из аминокислот) на ином, гораздо более информативном уровне.

Не секрет, что на поиск лекарственных средств в фармацевтике уходят огромные суммы денег, при этом многие потенциальные лекарства находят случайно, и уже затем дорабатывают структуру. Anton должен значительно облегчить эту задачу, его используют для поиска и дизайна лекарств от СПИДа и других заболеваний.

В конструкции суперкомпьютера использован массив из 512 специализированных одноименных процессоров, работающих на частоте 400 МГц. Запуск системы планируется на конец 2008 года.